为顺应新医改形势，更好地为妇女儿童提供全周期全方位全过程、有温度有情感有人文的医疗保健服务，年连云港市妇幼保健院率先在全省实施大部制改革，整合临床、保健资源，建立妇女保健部、孕产保健部、儿童保健部三大部，推动妇幼健康服务精益化、高质量发展。
妇女保健部
妇女保健部下设妇科（妇女肿瘤、普通妇科、妇女内分泌）、生殖医学科、妇女群体保健科、计划生育科、妇女健康管理科（体检中心）、中医妇科、乳腺保健科、青春期保健、更年期保健等9大业务科室。提供不孕不育症规范诊疗、辅助生殖技术（试管婴儿等），妇女常见病防治、盆底、妇女肿瘤、妇女内分泌疾病诊疗、乳腺保健及疾病诊疗、青春期、更老年期保健、计划生育、女性特色体检、海扶微无创治疗(子宫肌瘤、子宫肌腺症）、宫颈疾病专科诊疗（疫苗、筛查、治疗）等服务项目，为全市妇女健康保驾护航。
妇女群体保健科
负责全市“两癌”检查项目、妇女常见病普查、增补叶酸、计划生育及药具不良反应监测的培训、指导、质控工作。
01｜“两癌”检查项目
为消除女性常见的恶性乳腺癌、宫颈癌实施的免费的国家公共卫生项目，包括乳腺癌检查项目（触诊、超声、钼靶）及宫颈癌检查项目（宫颈液基细胞学或HPV检测、阴道镜检查、宫颈活检组织病理检查）。
每年的3—4月医院